Zentren am Bundeswehrkrankenhaus Hamburg
Aufgrund der breiten diagnostischen und klinischen Kompetenz unter einem Dach arbeiten die medizinischen Abteilungen des Bundeswehrkrankenhauses Hamburg fachübergreifend in Kompetenzzentren zusammen:
Rettungszentrum
Das Bundeswehrkrankenhaus Hamburg beteiligt sich als Partner der Berufsfeuerwehr Hamburg an der notfallmedizinischen Patientenversorgung der Freien und Hansestadt Hamburg. 
Rettungszentrum am Bundeswehrkrankenhaus Hamburg
Kompetenzzentrum Kopf
Die Behandlung von Erkrankungen im Kopfbereich erfordert ein interdisziplinäres Vorgehen. Oft liegen komplexe Krankheiten und Verletzungen vor, die eine fachübergreifende Diagnostik und Therapie erfordern. Kompetenzzentrum Kopf am Bundeswehrkrankenhaus Hamburg
Zentrum für seelische Gesundheit
Das Fachgebiet Psychiatrie hat am Standort Hamburg eine lange Tradition, denn seit Jahrzehnten werden hier Angehörige der Streitkräfte psychiatrisch und psychotherapeutisch betreut, behandelt sowie wehrpsychiatrisch begutachtet. Zentrum für seelische Gesundheit am Bundeswehrkrankenhaus Hamburg
Kompetenzzentrum für Hernienchirurgie
Die Klinik für Allgemein- und Viszeralchirurgie wurde am 16. September 2020 in einem externen Audit im Rahmen der Zertifizierung durch einen Vertreter der Deutschen Gesellschaft für Allgemein- und Viszeralchirurgie erfolgreich begangen und erhielt das Zertifikat als Kompetenzzentrum. Kompetenzzentrum für Hernienchirurgie.
Regionales Traumazentrum
Das Bundeswehrkrankenhaus Hamburg ist seit dem Jahr 2010 als Regionales Traumzentrum nach den Kriterien des Weißbuches der Deutschen Gesellschaft für Unfallchirurgie (DGU) zertifiziert und erfüllt die Anforderungen zur Behandlung von Schwerverletzten. Zudem ist das Bundeswehrkrankenhaus Hamburg Mitglied in dem seit dem Jahr 2011 existierenden „Trauma Netzwerkes Hamburg“. Regionales Traumazentrum der Initiative TraumaNetzwerk DGU® (Deutsche Gesellschaft für Unfallchirurgie).
Hörzentrum Hamburg
Seit dem Jahr 2008 bietet Ihnen das Bundeswehr – Hörzentrum Hamburg einen umfassenden Service rund ums Hören. Unter einem Dach führen wir alle notwendigen diagnostischen Dienstleister zusammen (HNO-Ärzte, Phoniater, Audiologen, Hörtherapeuten, Logopäden, Audiometristen und Hörgeräteakustiker).
Hörzentrum am Bundeswehrkrankenhaus Hamburg
Zweitmeinungszentrum für Hodentumore
Die urologische Klinik am Bundeswehrkrankenhaus Hamburg ist Zweitmeinungszentrum der Deutschen Krebsgesellschaft für die Hodentumorerkrankung. Hier bietet sich jedem Arzt die Möglichkeit, sich zur Therapie der Hodentumorpatienten eine zweite Meinung einzuholen. Anerkanntes Zweitmeinungszentrum für Hodentumore der Fachgesellschaft für Urologie (Klinik für Urologie)
Wundzentrum nach ICW
Unsere Klinik ist nach den Standards der Initiative Chronische Wunden (ICW) als Wundzentrum zertifiziert. Zertifiziertes Wundzentrum der Abteilungen Dermatologie / Gefäßchirurgie unter Beteiligung der Kliniken für Allgemeinchirurgie und Unfallchirurgie nach (ICW Wundsiegel - Initiative Chronische Wunden e.V.)
regional stark - weltweit verbunden